在2016年，乡镇纪委的工作面临诸多挑战与难题。这些困难不仅影响了工作的推进效率，也对基层党风廉政建设带来了不小的阻力。以下是一些主要的问题：

首先，人员配置不足是一个普遍存在的问题。乡镇纪委往往人手有限，难以应对繁重的工作任务。许多乡镇的纪检干部身兼数职，既要处理日常事务，又要负责监督执纪问责，这种工作压力使得他们很难专注于纪检监察的核心职责。

其次，经费短缺也是一个突出问题。由于财政资源有限，乡镇纪委在开展工作时常常受到资金限制。这直接影响到案件调查、宣传教育等各项活动的开展，制约了工作的有效实施。

再者，业务能力参差不齐也是亟待解决的问题之一。部分乡镇纪委工作人员缺乏专业的法律知识和纪检监察技能，导致他们在实际操作中遇到困难。加强培训和学习，提高队伍的整体素质显得尤为重要。

此外，信息沟通不畅同样是一个不容忽视的问题。随着信息技术的发展，如何利用现代手段提升工作效率成为一个重要课题。但目前来看，很多乡镇纪委尚未建立起高效的信息共享平台，影响了工作的协调性和及时性。

最后，社会环境的变化也为乡镇纪委带来了新的考验。随着经济和社会的发展，农村地区的利益关系变得更加复杂，各种新型违纪违法行为层出不穷，这对乡镇纪委提出了更高的要求。

综上所述，乡镇纪委在2016年所面临的困难是多方面的，既有客观条件的限制，也有主观努力不足的因素。面对这些问题，需要各级政府及相关部门给予更多的支持与帮助，同时也需要乡镇纪委自身不断探索创新，以更好地履行其神圣使命。